Kiedy ogłoszono, że film zostanie nakręcony, do roli Aeon Flux przymierzała się Michelle Rodriguez.
Famke Janssen i Demi Moore odrzuciły propozycję zagrania głównej roli w filmie.
Darren Aronofsky ubiegał się o wyreżyserowanie tego filmu.
W scenach w więziennej celi włosy Aeon Flux zmieniają swe ułożenie, między kolejnymi ujęciami.
W scenach, gdy Aeon Flux płacze, łzy na jej twarzy zmieniają pozycję między kolejnymi ujęciami, by później w ogóle zniknąć.
W scenach na polu pełnym alarmów "stopa" (zastąpiona rękami) Sithandry zostaje podziurawiona licznymi kolcami, jednak w reszcie scen, gdy widzimy jej "stopy", po ranach nie ma żadnego śladu.
W trakcie filmu Sithandra genetycznie modyfikuje swoje stopy, zmieniając je na kształt rąk, jednak w dalszej części filmu, w niektórych scenach, jej stopy wyglądają normalnie.
W scenach na polu pełnym alarmów Sithandra zostaje trafiona ostrzami w plecy i pada na ziemię, lądując na brzuchu, lecz już w następnym ujęciu leży na plecach.
W scenie w więziennej celi, gdy Aeon pobiera ze szklanki próbkę wody, szklanka stoi z prawej strony jej stopy, jednak w następnym ujęciu widać, że stoi już ona w innym miejscu, znacznie bardziej z lewej strony.
Zdjęcia do filmu powstały w Niemczech, w Poczdamie i Berlinie.
Początkowo miejscem kręcenia filmu miała być Brazylia.
Charlize Theron trenowała na trampolinie z cyrkiem "Cirque du Soleil's Terry Bartlett".
Podczas sceny w ogrodzie można dostrzec w oddali logo "Aeon Flux".
Scena, w której Aeon łapie muchę rzęsami jest wzięta bezpośrednio z serialu animowanego.
Charlize Theron przeszła trening na trampolinie pod okiem Terrego Bartletta.
Podczas jednej sceny Charlize Theron nabawiła się urazu szyi i produkcja musiała zostać wstrzymana na miesiąc.